现在需要考虑一下促使人格主义者拒斥这种科学崇拜的原因。科学是对现象及其可证实的普遍法则的描述。人格主义者和大多数不接受自然主义者的哲学家都相信有些问题是科学或科学的综合体无法提出的，但只要人的心灵开始理解它本身并且透视科学，这些问题却一定会提出来。这样的问题有：什么是科学的前提？它把什么东西当作不证自明的来接受？如果科学有所省略，那么被省略的是什么？在和人类其他兴趣和活动的关系中——比如社会生活、艺术和宗教——以及与意识的关系中，科学处于什么样的位置？什么是自然、结构、标准和知识的基础？我们为何能够判定真正的善、正义、美、神圣和真实？我们该如何把科学的成果向他人叙述，并将其与人类为之奋斗的正确目标联系起来？我们该如何正确定义被我们所有经验——科学的和超科学的——揭示出来的整个实在？有些科学家反对提出这些问题，因为他们不能用实验或因果关系的解释来回答。有些科学家断言不存在关于善或上帝的知识。但随着认知、质疑、评价和崇拜等经验的继续，仅仅因为它们不能用科学的方法加以证明，或因为自然主义者不想讨论它们给这些经验打折扣是武断的。
自然主义者就是那个把经验和那些不能用科学方法加以处理的问题搁置的人，或者至少是加以简化。在人格主义者看来，这种做法似乎有悖于热爱真理、自由探索和经验主义这些科学本身的基本精神。尊重科学是一回事，将科学视为人类追求真理的惟一途径是另一回事。前者对有理智的生活是最基本的，而后者带来的结果是排它的，教条主义的，狭隘的。