于是,公元1642年农历九月,李自成派出几万士兵,扒开了开封城附近的黄河马家口大堤,随后黄河水直冲开封城,整个城内积水达十多米深。当时,开封城内尚有37万守城军民,李自成扒河冲击开封后,全城百姓有34万人死亡,最终仅有3万人幸免于难。
经历过这场大变故的明朝人计六奇(1622年—1687年)后来回忆说:“自贼乱以来,杀人不可胜计,其最烈者,无如(张)献忠之屠武昌、(李)自成之淹汴梁也。夫图大事者,当以得人为本。张(献忠)李(自成)所为如此,不过黄巢、赤眉(军)之徒耳。天心人心胥失之矣。欲不速亡得乎?……其(李自成)与(张)献忠眉心脓秽不绝,俱天所以报其好杀也。其不死也几希矣!”
毁灭开封全城、丧尽民心的李自成,尽管灭了明朝,却最终在水淹开封三年后的公元1645年,于湖北九宫山被杀。
经历李自成的毁灭性放水淹城后,开封人口再次出现了大倒退,即使到了清朝盛世时期的乾隆十六年(1751年),当时全国人口都出现了大爆炸,开封人口却从北宋时期的超百万人口、明末的37万人口,跌落至仅仅只有12万人口。